Легендарный ученый и гуманист Дмитрий Сергеевич Лихачев был госпитализирован 27 сентября 1999 в тяжёлом состоянии. У него была серьёзная стадия онкологии. Несмотря на операцию, 30 сентября организм Дмитрия Сергеевича не выдержал болезни. "Это было операцией отчаяния", - после сказал один из врачей.
Светская панихида состоялась в Таврическом дворце. У гроба усопшего находились его супруга Зинаида Александровна, дочь Людмила, внучка Зина, правнучка Вера. С ученым пришли проститься родные и близкие, а также множество его учеников. Однако в основном в очереди находились люди, не знакомые с Дмитрием Сергеевичем, но почитающие его как человека, который не боялся говорить правду сильным мира сего, которому доверяли, к словам которого относились серьёзно, наделенного благородством, безупречной нравственностью и любовью к русской культуре. Отдать дань уважения Дмитрию Сергеевичу пришли Владимир Путин, Геннадий Селезнев, Валентина Матвиенко, Юрий Лужков, Владимир Яковлев, Сергей Степашин и многие другие известные политики. Все, кто хотел проститься с Дмитрием Сергеевичем не успели попасть в Таврический дворец до 16.00, поэтому граждананское прощание было решено продлить ещё на несколько часов.
Отпевание ученого повел в Князь-Владимирском соборе лично его настоятель. Дмитрий Сергеевич вполне мог бы найти последнее пристанище в Александро-Невской лавре, где похоронены легендарные исследователи и люди искусства. Но согласно завещанию, Лихачев упокоился в поселке Комарово на берегу Балтийского моря на кладбище, где похоронены его мать Вера Семеновна, брат Юрий Сергеевич и дочь Вера, трагически погибшая в начале 80-х годов. В момент предания тела земле в Санкт-Петербурге была объявлена минута молчания.